В статье рассматриваются нововведения в системе управления учебным процессом мусульман России сквозь призму педагогической деятельности известных богословов, востоковедов Ш. Марджани и Х. Фаизхана в середине XIX в. К этому времени, когда исторически вся Российская империя была поставлена перед необходимостью создания иной системы народно- го образования, в тогда еще узкой среде мусульманских просветителей сформировалось представление о целях и задачах создания медресе нового типа с введением в исламское образование новых языков. Затем пришло понимание того, что преподавание новых дисциплин потребует и разработки новых методов обучения. В статье описывается характер проблем, с которыми сталкивались просветители в процессе интеграции исламской системы образования в российскую. С опорой на источники приводятся примеры решения организационных вопросов исламского образования. Обосновывается необходимость решения управленческих вопросов в целях развития современной системы теологического образования. Для этого осуществляется анализ исторических распорядительных документов, рассматривается ход внедрения изменений, обозначаются перспективы дальнейшего развития, особо отмечается роль Федеральных государственных образовательных стандартов в развитии исламского теологического образования. Делается вывод о необходимости бережного отношения к духовно- нравственным ценностям, заложенным в первоисточниках — Коране и Сунне, при существовании теологического образования в новых формах, соответствующих развитию общества.